Naruto et ses amis réussissent à déchiffrer le code que Jiraiya a laissé derrière lui, mais ce n'est pas suffisant pour résoudre le mystère de Pain. Pour Naruto, le décès de Jiraiya est plus que suffisant pour l'inciter à suivre Fukasaku au Mont Myoboku, où il commence son entraînement au Sage Jutsu. Mais le nerveux Naruto sera-t-il jamais capable de rester assis assez longtemps pour atteindre le mode Sage ? De retour au Village de la Feuille, le désastre frappe lorsque les Six Chemins de la Douleur attaquent le village, et ceux qui sont les plus chers à Naruto sont jetés dans le chaos de la bataille !
Une sombre nouvelle
                
            Dans l'ombre du maître
                
            Décryptage
                
            La première épreuve
                
            L'élève surpasse le maître
                
            Attaque sur Konoha
                
            Le pouvoir de la confiance
                
            Pain contre Kakashi
                
            Le mystère de Pain
                
            Mon prénom est Sarutobi, mon nom Konohamaru
                
            Le monde connaîtra la souffrance
                
            Explosion ! Le mode ermite
                
            Danger ! Le mode ermite s'est éteint
                
            Capture de Kyûbi : Mission accomplie
                
            Confessions
                
            Naissance de l’astre divin
                
            Le Hokage quatrième du nom
                
            Deux élèves
                
            L’héritage du quatrième du nom - 1re partie
                
            L’héritage du quatrième du nom - 2e partie
                
            Rencontres
                
            La naissance de Pain
                
            La légende de Naruto
                
            Le héros de Konoha