Naruto et ses amis réussissent à déchiffrer le code que Jiraiya a laissé derrière lui, mais ce n'est pas suffisant pour résoudre le mystère de Pain. Pour Naruto, le décès de Jiraiya est plus que suffisant pour l'inciter à suivre Fukasaku au Mont Myoboku, où il commence son entraînement au Sage Jutsu. Mais le nerveux Naruto sera-t-il jamais capable de rester assis assez longtemps pour atteindre le mode Sage ? De retour au Village de la Feuille, le désastre frappe lorsque les Six Chemins de la Douleur attaquent le village, et ceux qui sont les plus chers à Naruto sont jetés dans le chaos de la bataille !
Une sombre nouvelle
Dans l'ombre du maître
Décryptage
La première épreuve
L'élève surpasse le maître
Attaque sur Konoha
Le pouvoir de la confiance
Pain contre Kakashi
Le mystère de Pain
Mon prénom est Sarutobi, mon nom Konohamaru
Le monde connaîtra la souffrance
Explosion ! Le mode ermite
Danger ! Le mode ermite s'est éteint
Capture de Kyûbi : Mission accomplie
Confessions
Naissance de l’astre divin
Le Hokage quatrième du nom
Deux élèves
L’héritage du quatrième du nom - 1re partie
L’héritage du quatrième du nom - 2e partie
Rencontres
La naissance de Pain
La légende de Naruto
Le héros de Konoha