Après l'infiltration de la Fondation Phénix par Mason, ancien agent du FBI devenu terroriste, l'organisation a été démantelée. Un an et demi plus tard, les différents membres de l'équipe vivent des vies bien fades en comparaison de leur précédent métier, bien que Mac et Desi soient finalement en couple. Jusqu'à ce que Russel Taylor, le PDG de Spearhead Operations, une société militaire privée, ne prenne contact avec eux et ne reforme la Fondation pour contrer une organisation terroriste mondiale, composée entre autres d'anciens agents de Phénix, avec un seul but : anéantir le monde libre.
Phoenix, mon amour
La cellule rouge
L'avion fantôme
Bombe à retardement
Le marchand
De mauvaises choses pour de bonnes raisons
Un couple normal
Le fichier 47
Code Nemesis
Le rêve de Mac
Décor naturel
Loyauté
Sauvez le monde