L'Office des projets spéciaux (OPS) est une division du NCIS basée à Los Angeles et spécialisée dans les missions d'infiltration. Tête brûlée de l’équipe, l’agent G. Callen change d’identité à chaque nouvelle mission au détriment de sa vie personnelle. Son partenaire, l’agent Sam Hanna, est un ancien nageur de combat (SEAL), spécialisé dans la surveillance. Ils sont accompagnés de Kensi Blye et Dominic Vail, une jeune recrue. La saison 2 accueille le lieutenant de police du LAPD, Marty Deeks qui devient officier de liaison du NCIS. Grâce à une technologie de pointe et à des agents caméléons durement entraînés, cette unité mène à bien de complexes opérations sous couverture pour déjouer attentats et autres menaces terroristes. La responsable hiérarchique n'est autre qu'Hetty, véritable mère protectrice de la section, mais incarnant aussi le rôle de la patronne dure d'oreille.
À l'aveugle (3ème partie)
Les recrues
Le cinquième homme
Politiquement vôtre
Le projet Sinclair (1ère partie)
Le projet Sinclair (2nde partie)
Le creux de la vague
La part du feu
La soif de l'or
Noël en haute-mer
Ecart de conduite
Soldats de papier
L'élu
La force adverse
L'art de la guerre
Lokhay
Partenaires particuliers
Red (1ère partie)
Red (2nde partie)
Le poison
Résurrection
Le corbeau et les cygnes
Le bon, la brune et les diamants
Descente aux enfers