La quatrième et ultime saison, nommée Les Shadoks et le big blank (numérotée « BU-GA » dans l'édition VHS), comprend 52 épisodes réalisés en 2000. Elle reprend pour partie quelques thèmes des saisons précédentes. Le sujet principal en est la peur de la fin du monde puis de la « Bougrinette » (la mort ou la fin inéluctable incarnée), qui est la cause de la fin de l'univers où évoluent les Shadoks (et partant, de la série).
Panique
Les Shadoks
Le ciel tombe
Shadoko et le tombovirus
Le zodiaque tombe
La fin du monde sorcier
Les paraciels
Le grand bidon
La langue Shadok
La machine à traduire
Le big blank
La vieille légende
Regonfler le cosmos
Le recyclage
La mégapompe
Parlez-vous pompe ?
Le marin sucrier
Le big blank attaque
La machine à motiver
Un sale feed back
Dans l'abîme du temps
Le grand rouleau
La machine à passer le temps
Tout est relatif
Esclaves de l'heure
Heureusement qu'on a la télé
Le retour des Gibis
Faut tout prévoir
Les pétroles prévisionnels
Les prévisions météo
Prévisions de circulation
La carotte folle
La crise économique
Des trous dans le néant
Prévoir le passé
Histoire : Napoléon contre Colomb
Histoire : Troie contre Eden
Pitheshadoks & Co
La bougrinette
Le trou à Gégène
Les zangsts attaquent
Les cerveaux poubelles
Allez vous faire psychodomiser
La limbido
La psycho cybernétique
Le Grand Zangstbuggere
Plus de poils plus d'espoir
Les Gibis chez les Shadoks
En quoi voulez vous muter ?
Ca mute de travers
Folies mutagènes
Apocalypse et final Bebert
