La majeure partie de l'intrigue met l'accent sur le conflit croissant entre les survivants et les « Autres », ainsi que sur le thème de l'affrontement entre science et foi, symbolisé par l'antagonisme grandissant de Jack Shephard et John Locke. Alors que certains mystères sont résolus, de nouvelles questions sont soulevées. De nouveaux personnages sont introduits, y compris les survivants de la queue de l'avion et d'autres habitants de l'île. Des informations sur le caractère mythologique de l'île et sur le passé des survivants sont divulguées. La trappe est explorée et l'existence du Projet Dharma et de son bienfaiteur, la Fondation Hanso, est révélée. Alors que la vérité sur les mystérieux « Autres » commence à être dévoilée, un des rescapés de l'accident trahit les autres naufragés et la cause de l'accident du vol Oceanic 815 est découverte.
De l'autre côté
D'entre les morts
Embuscade
Une histoire de cœur
L'heure du jugement
Coup d'état
Loin de chez elle
Impression de déjà vu
Étranger parmi eux
Chance et malchance
Tapez 77
La voie des airs
Sans retour
Jusque dans la tombe
Meilleures ennemies
Une des nôtres
L'effet papillon
Histoires de femmes
Mon père cet escroc
L'homme de l'ombre
Meilleurs moments
Là où tout commence… (1)
…et tout finit (2)
