Dans cette troisième saison, Sydney réintègre la CIA après avoir disparu pendant 2 ans. Beaucoup de choses ont changé pendant son absence : Vaugh s'est marié et a quitté la CIA, Jack Bristow a été emprisonné par le Conseil National de Sécurité, Dixon est le nouveau patron de la CIA, Sloane a obtenu le pardon de la CIA après avoir livré des informations qui ont permis le démantèlement d'un grand nombre de cellules terroristes , il dirige désormais une organisation caritative... Mais un nouveau groupe terroriste menace la sécurité du monde : le Covenant, qui se passionne à son tour pour les inventions de Rambaldi. Sydney n'est donc pas au bout des ses surprises...
Post mortem
Monnaie d'échange
Arme secrète
Chaînon manquant
Black jack
Noir et blanc
Sans issue
Volte-face
Salle 47
Jeux de piste
Passé recomposé
Ennemi intérieur
Nid d'aigle
Duel masqué
Sueurs froides
Trou noir
Le passager
Il dire
Compte à rebours
Protocole enfer
Traque infernale
Objectif ultime