Alors que Samantha « Sam » Groves alias « Root » a enlevé Finch, la machine continue quand même de donner à John des numéros mais celui-ci n'est concentré que sur une seule chose : retrouver son ami. Mais la « D.H.R. », le F.B.I. ou encore le gouvernement n'ont pas encore abdiqué à l'idée de retrouver celui qu'ils surnomment « l'homme au costume » ...
Libérée du mal
Fin de la traque
La fille du consul
Un numéro de trop
Le scoop
Le droit chemin
État critique
Gages d'amour
Mauvais endroit, mauvais moment
Justice pour tous
Le prodige
Costume sur mesure
Réunions d'anciens
Pour quelques milliards
Room Service
Seule contre tous
Le caméléon
Les cartes en main
Confiance aveugle
24h à vivre
Et tout recommence
Enfin libre