Ryotarō Nogami est un jeune homme malchanceux. Un jour, il découvre un étrange passe ainsi qu'une jeune fille mystérieuse et étrange. Il découvre également le Den-Liner qui est en fait un train qui voyage entre le passé et le présent et apprend l'existence des Imagins, créatures qui viennent du futur pour changer le passé. Bien qu'il ne comprenne pas tout, Ryotarō, avec l'aide de l'impétueux Imagin, baptisé Momotaros devient Kamen Rider Den-O. Voyageant à différents moments grâce au Den-Liner pour combattre les Imagins et les empêcher de modifier le passé pour influer sur le présent et l'avenir.
Épisode 1
Episode 2
Outlaw Momotarō
Get Out, Oni! I'm Serious
Will You Let Me Fish You?
A Swindler's Dignity
Jealousy Bomber
Sad Melody, Loving Memory
You Wept Over My Strength
Hana in a Stormy Singularity Point
Madness, Delusion, Baby's Breath
Run Taros!
Okay? Your Answer Doesn't Matter
Dance With Dragon
Bath Jack Panic
Star of Happiness, Criminal's Surrender
That Guy Just Now! Already in the Past?
A Clockwork Fiance
That Man, Zero's Start
Let Me Say This to Start
Fighting Style
An Unspeakable Future
Enter the Prince, Kneel Down to Him!
The Prince's Goodbye Lullaby
Climax Double Jump
The Ticket to God's Line
Schedule-Disrupting Fang
Too Lucky, Too Excited, Too Strange
Lucky Horror Show
Madam, How About the Fireworks?
Ai Need Yu
Last Train Card Zero
Time Troubler Kohana
The Time Interval Pianist
Tragic Resurrection Card Zero
No Possession, No Secession, Train Slash!
I Have The Face For It, Don't I?
The King Train Within the Train Terminal
The Rider Disappears As Well
Change Imagin World
Candy Scandal
Memory Update
Something Missing
Resolution of a Single-Action
Reliving a Blank Day
Now to Reveal Love and Truth
You Wept Over My End
Opposite Goodbyes...
The Climax Goes on No Matter What