Un jour, l'Ecole des Ninjas est attaquée par Lothor, un Maître Ninja banni qui revient sur Terre pour prendre sa revanche et capturer tous les élèves Ninjas. Shane, Tori et Dustin sont les trois seuls étudiants qui ont pu s'en sortir. Lothor fait monter les enchères en envoyant ses nouveaux alliés combattre les Rangers : les Rangers Tonnerre, possédant leurs propres Zords Tonnerre. Dans leur mission de vengeance, les Rangers Tonnerre ont kidnappé le Sensei, le croyant responsable de la mort de leurs parents, il leur raconte la vérité : c'est Lothor le responsable. Les Rangers Tonnerre se joignent alors aux Rangers Cyclone dans leur combat contre Lothor.
Le Calme avant la tempête
L'Équipe avant tout
Les Beautés de la plage
Les Nouveaux Arrivants
Un duo d'enfer (1)
Un duo d'enfer (2)
Un duo d'enfer (3)
Une belle planète
Un retour attendu (1)
Un retour attendu (2)
Un retour attendu (3)
Un retour attendu (4)
Le Boxeur fou
Du cochon au menu !
Le Voyage du samouraï (1)
Le Voyage du samouraï (2)
Le Voyage du samouraï (3)
Une odeur de ranger
Lothor, on t'aime
Un beau geste
La Reine des abeilles
Jeu de rôles
Ne tirez pas la langue !
Frères d'armes
Le Karma de Shane (1)
Le Karma de Shane (2)
Le Retour de Shimazu (1)
Le Retour de Shimazu (2)
Le Coiffeur manqué
Un grand coup de balai
Soupçons
L'Œil du cyclone
Prise de pouvoir (1)
Prise de pouvoir (2)
Une brillante journée
En dessous de tout
La Tempête avant le calme (1)
La Tempête avant le calme (2)
