En pleine période Sengoku, le seigneur féodal Kibaoni Gengetsu se fait battre par le clan Ninja des Igasaki. Dans son dernier souffle, il abandonne son humanité pour devenir un Yokai et prophétise son retour dans 444 années afin de détruire l'humanité. Toutefois, lorsqu'il tente de mettre en application son terrible plan, il se fait de nouveau battre par Yoshitaka Igasaki qui sera par la suite connu sous le nom de Last Ninja. En 2015, Kibaoni Gengetsu est ressuscité d'entre les morts par son assistant Kyuemon Izayoi. Le fils du Last Ninja, Tsumuji Igasaki, rassemble les Ninningers, un groupe composé de ses enfants, Takaharu et Fuka, et de leurs cousins, Yakumo Kato, Nagi Matsuo et Kasumi Momochi, afin qu'ils puissent maîtriser les arts Ninja et abattre Kibaoni Gengetsu.
Nous sommes des ninjas !
Devenir Last Ninja !
Un ennemi redoutable, Gabi apparaît !
Ça ne trompe pas ! Paonmaru !
Le ninja de l'espace ! UFOmaru !
Enlevée par un tengu
Le festival ninja du printemps !
Le nekomata qui voyage dans le temps
Ninjutsu contre magie, la grande bataille !
Yeehaw ! Un Star Ninger en or
Shinobimaru, reviens !
La plus forte bataille ! Fusion miraculeuse
On est chauds ! Les olympiades ninjas
Attention aux arnaques !
Yokai, je ne rate jamais !
Le père Tsumuji est un Super Ninja !?
Au revoir, Star Ninger !
Le Yokai que Yakumo aime
Cherchez-le ! L'OtomoNin céleste
La transcendance ! Lion Ha-Oh
On est chauds ! Le baseball ninja des rêves !
Super-fusion ! Ha-Oh Shurikenzin
C'est l'été ! L'épreuve de courage ninja
C'est l'été ! L'arrivée rafraîchissante du Yokai occidental !
C'est l'été ! Attention à Dracula
C'est l'été ! L'annonce de la course intermédiaire de Last Ninja !
C'est l'été ! La naissance de l'étoile transcendante !
Courez-y ! Le groupe ninja Kibaoni
L'édition ninja Sugoroku définitive
L'école ninja ciblée !
Le ninja fugueur !
Le ninja extrêmement chaud ! Acha !
La kunoichi que Yakumo aimait
Entre Jiraiya, le monde des ninjas légendaires
Kinji entre dans labyrinthe Yokai !
Kinji, la glorieuse superstar
Légende Shuriken ~Le chemin Last Ninja~
La sorcière aime Yakumo ?
Mangetsu, le fils de Kibaoni apparait !
Méfiez-vous du père Noël !
Les cinq jeux de la fête Kibaoni !
La guerre des OtomoNin ! Nekomata contre-attaque
Le ninja légendaire ! Les tactiques de Yokai Karuta
La bataille finale ! Les épreuves de Last Ninja
Trois générations de pères et de fils ! Tous les ninjas rassemblés
Le Shuriken de la Fin apparait !
Le futur ne se cache pas, Wasshoi!
