Danganronpa 3 : Désespoir se déroule avant les événements décrits dans Danganronpa: Trigger Happy Havoc. Chisa Yukizome est une nouvelle professeure à Hope's Peak Academy et devient la principale de la classe 77. Pendant ce temps, un étudiant sans talent de la réserve se porte volontaire pour subir des expériences ayant pour but de créer l'« Espoir Ultime ». L'histoire suit tous les événements qui donneront naissance aux « Désespoir Ultime », puis à la Tragédie4
De retour à l'académie Kibôgamine
Mon Coeur des plus Impurs pour Vous
Un Adieu à tous les Futurs
La Mélancolie, Surprise, et Disparition de Nagito Komaeda
Le Début de la Fin
Une rencontre guidée par le destin et le désespoir
Le Pire Incident de l'histoire de l'académie Kibôgamine
Les pires retrouvailles dues au hasard
Yukizome Chisa ne sourit pas
Souris d'un désespoir déguisé en espoir
Adieu, Kibôgamine
